Comptabilité du freelance et des professions libérales, de santé et de l'officine

La plupart des freelances et libéraux relèvent des BNC et d’une comptabilité de recettes et de dépenses. Les professions de santé, les vétérinaires et les pharmaciens y ajoutent chacun des règles de TVA, de cotisations et de stock.

Un consultant indépendant, un développeur, un traducteur ou un formateur facture son savoir-faire. Il ne vend pas de marchandises, et ses revenus d’entrepreneur individuel relèvent en principe des bénéfices non commerciaux (BNC). Les professions de santé sont dans le même cadre, avec des règles propres. Une clinique vétérinaire et surtout une pharmacie vendent aussi des produits, ce qui les rapproche du commerce. Cette page part du socle commun, puis traite chaque métier.

Micro-BNC ou déclaration contrôlée

Micro-BNC Déclaration contrôlée
Bénéfice imposable Recettes moins un abattement forfaitaire Recettes moins dépenses réelles
Registres Livre des recettes, registre des achats si vente de biens Livre-journal des recettes et dépenses, registre des immobilisations
Déclaration Recettes reportées sur la déclaration de revenus Déclaration 2035 et ses annexes
Cotisations sociales Pourcentage des recettes, déclaré chaque mois ou trimestre Assises sur le bénéfice, avec régularisation

Le micro-BNC s’applique tant que les recettes restent sous un plafond révisé périodiquement. La déclaration contrôlée devient obligatoire au-delà, et elle peut être choisie sur option. Elle est plus avantageuse quand les frais réels dépassent l’abattement. Le choix s’apprécie avec l’aide de la page sur le fonctionnement de la micro-entreprise.

En déclaration contrôlée, la comptabilité suit en principe les encaissements et décaissements : une recette est comptée le jour où elle est encaissée, une dépense le jour où elle est payée. Le livre-journal indique pour chaque recette la date, le montant, le mode de paiement et le client. Le matériel durable (ordinateur, mobilier) s’immobilise et s’amortit, et la déclaration 2035 récapitule le tout. Un freelance qui exerce en société (EURL, SASU) tient en revanche une comptabilité d’engagement selon le PCG.

TVA, cotisations et facturation du freelance

Sous la franchise en base, le freelance ne facture pas de TVA et porte la mention « TVA non applicable, article 293 B du CGI ». Au-delà des seuils, ou sur option, il collecte la TVA, en général exigible à l’encaissement pour des prestations de services. Pour un client professionnel établi dans un autre État de l’Union, il facture hors taxe avec la mention d’autoliquidation. Les cotisations sociales sont versées à l’URSSAF, comme indiqué dans cotisations des indépendants.

Les factures doivent comporter les mentions obligatoires, et la réforme de la facturation électronique s’applique aux freelances assujettis comme aux autres entreprises : réception à partir du 1er septembre 2026, émission à partir du 1er septembre 2027 (voir facture électronique pour les micro-entreprises).

Professions de santé libérales

Médecins, chirurgiens-dentistes, sages-femmes, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes et autres auxiliaires médicaux exercent le plus souvent en BNC, en déclaration contrôlée, seuls ou en société d’exercice. Leurs soins sont exonérés de TVA lorsqu’ils sont dispensés dans le cadre d’une profession médicale ou paramédicale réglementée. Les actes sans finalité thérapeutique, comme certains actes esthétiques, l’expertise ou les formations, sont taxables.

Les recettes arrivent par plusieurs canaux : paiement direct du patient, tiers payant de l’Assurance maladie et des complémentaires. Le relevé individuel d’activité et de prescriptions de la caisse primaire permet de rapprocher l’activité déclarée et les sommes reçues. Les rejets de télétransmission doivent être suivis, sinon ils deviennent des recettes perdues.

Plusieurs situations sont propres au secteur :

Les frais de blanchissage de la tenue professionnelle, de documentation, de congrès et de cotisation à l’ordre sont déductibles s’ils sont justifiés.

Clinique vétérinaire

Contrairement aux soins humains, les actes vétérinaires sont soumis à la TVA au taux normal. Une clinique vétérinaire, souvent exploitée en société d’exercice libéral à l’impôt sur les sociétés, a donc une activité mixte : des prestations (consultations, chirurgie, hospitalisation) en 706, et des ventes de médicaments, d’aliments et d’accessoires en 707.

Ces ventes supposent un stock inventorié et valorisé à chaque clôture, avec une dépréciation des médicaments et aliments périmés ou proches de leur date limite. Les médicaments utilisés pendant un acte sont des consommations, pas des ventes. Le logiciel métier doit distinguer ces trois usages pour que la marge sur les ventes soit juste.

Le plateau technique pèse lourd : imagerie, échographe, matériel de chirurgie et de laboratoire. Ces investissements s’amortissent sur leur durée d’utilisation, souvent financés par emprunt ou crédit-bail. Les auxiliaires spécialisés vétérinaires relèvent de la convention collective des cabinets et cliniques vétérinaires. Les gardes et astreintes génèrent des éléments variables de paie.

En pratique rurale, les éleveurs paient souvent à terme. Les créances clients doivent être suivies et relancées, et les contrats de suivi sanitaire annuels facturés d’avance sont étalés sur leur période en produits constatés d’avance. Les vétérinaires libéraux cotisent à leur propre caisse de retraite (CARPV) et à l’ordre.

Pharmacie d’officine

Le pharmacien titulaire exerce une activité commerciale : ses bénéfices relèvent des BIC en entreprise individuelle, ou de l’impôt sur les sociétés en société d’exercice libéral. L’acquisition de l’officine porte sur un fonds de commerce, souvent financé par un emprunt important et parfois par une holding. Ce fonds commercial n’est en général pas amorti, mais il est testé chaque année pour une éventuelle dépréciation (voir pertes de valeur des immobilisations).

La TVA se ventile entre plusieurs taux sur un même ticket :

Produit Taux
Médicaments remboursables par la sécurité sociale 2,1 %
Médicaments non remboursables 10 %
Certains produits et appareillages pour personnes handicapées, protections hygiéniques 5,5 %
Parapharmacie, cosmétiques 20 %

Le logiciel de gestion d’officine produit cette ventilation chaque jour. Elle doit être reprise telle quelle en comptabilité et rapprochée de la CA3.

Le tiers payant crée des créances sur la caisse d’Assurance maladie et sur les complémentaires. Les retours de paiement et les rejets doivent être lettrés régulièrement, sinon le poste clients devient incompréhensible. La rémunération du pharmacien combine la marge sur les médicaments et des honoraires de dispensation réglementés, compris dans le chiffre d’affaires.

Le stock est important et se compte au moins une fois par an. Il se valorise au prix d’achat net de remises, et les produits périmés ou retirés sont dépréciés ou sortis. Les remises des laboratoires et des grossistes-répartiteurs sont des réductions du coût d’achat (609). Les prestations de services rendues aux laboratoires, comme une mise en avant de produits, sont facturées par l’officine et ne sont pas des remises.

Ce que ces métiers partagent

Recettes encaissées par plusieurs tiers, matériel coûteux et cotisations à des caisses propres à chaque profession : la difficulté commune est le rapprochement. Chaque mois, comparez l’activité du logiciel métier, les relevés des organismes payeurs et les encaissements bancaires. La connexion bancaire fait gagner beaucoup de temps sur ce travail.

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