Un contrôle TVA commence le plus souvent par un courrier ou un e-mail de l’administration annonçant la période visée et les documents attendus. Il peut aussi faire suite à une demande de remboursement de crédit, à un écart détecté par croisement de données ou à un contrôle chez un client ou un fournisseur.
Ce que l’inspecteur demande en général
| Document | Ce qu’il permet de vérifier |
|---|---|
| journaux de vente et d’achat, grand livre, balance | que chaque déclaration se reconstitue à partir de la comptabilité |
| factures de vente et d’achat, notes de crédit | mentions, taux, régime (autoliquidation, exemption) |
| extraits bancaires | paiements reçus sans facture, encaissements d’acomptes |
| contrats importants, bons de commande, bons de livraison | réalité des opérations, date d’exigibilité |
| preuves de transport des livraisons intracommunautaires et exportations | exemptions |
| registre des biens d’investissement et calculs de prorata | déductions et révisions |
| justification des limitations (voitures, restaurant, usage privé) | déductions |
Ce que change la facture structurée
Depuis le 1er janvier 2026, les factures entre assujettis belges sont échangées en format structuré via Peppol. Pour un contrôle, cela a plusieurs conséquences :
- La facture structurée est l’original. C’est le fichier reçu ou envoyé via Peppol qui fait foi, pas le PDF de présentation éventuellement joint. Il doit être conservé dans son format d’origine, avec ses métadonnées.
- Les données sont comparables automatiquement. Les montants de TVA d’une facture de vente peuvent être rapprochés de la déduction chez le client. Un écart entre ce que vous avez facturé et ce que le client a déduit attire l’attention sur les deux parties.
- La transmission des données de facturation à l’administration (e-reporting) est prévue à partir du 1er janvier 2028 ; la qualité des données de facture deviendra alors directement visible.
- Les rejets et corrections laissent une trace : une facture rejetée puis réémise, ou une note de crédit, doit pouvoir être reliée à la facture d’origine.
Conservation et accès
Les factures doivent être conservées pendant le délai prévu par le Code de la TVA, plus long que le délai général de conservation des pièces comptables prévu par le Code de droit économique. Conservez-les de manière à garantir leur authenticité, leur intégrité et leur lisibilité, et à pouvoir les produire rapidement sur demande, y compris sous forme de fichier exploitable. Les modalités d’archivage sont décrites dans archivage numérique conforme en Belgique.
En pratique, l’inspecteur demande souvent un export des journaux et des factures. Vérifiez à l’avance que votre logiciel et votre point d’accès Peppol permettent d’exporter toutes les factures d’une période, avec leur statut d’envoi ou de réception.
Les points de friction les plus fréquents
- Factures d’achat reçues hors Peppol d’un fournisseur belge assujetti depuis 2026 : la déduction peut être contestée si le document n’est pas une facture valable.
- Codes TVA mal paramétrés : une catégorie de TVA erronée dans la facture structurée (par exemple exemption au lieu d’autoliquidation) se retrouve dans les données de l’administration.
- Notes de crédit non reliées à la facture qu’elles corrigent.
- Prestations facturées à des non-assujettis comme s’ils étaient assujettis, ou l’inverse.
- Écarts de déclaration non documentés, voir contrôle TVA avant envoi dans Intervat.
Pendant et après le contrôle
- Désignez une personne de contact et répondez par écrit, en gardant copie de tout ce qui est transmis.
- Ne refaites pas de pièces après coup ; expliquez plutôt les écarts avec les documents existants.
- Si l’administration propose une rectification, vous recevez un avis motivé et disposez d’un délai pour répondre. Un accord peut être signé ; à défaut, la procédure se poursuit par une contrainte que vous pouvez contester.
- Après le contrôle, corrigez le paramétrage à l’origine des erreurs, sinon elles se reproduiront sur les périodes suivantes.