Vender online parece sencillo desde fuera, pero la contabilidad de un ecommerce es una de las más exigentes para una pyme española. Un mismo pedido puede pasar por un marketplace, una pasarela de pago y un operador logístico antes de que el dinero llegue a tu cuenta, y cada uno se queda una parte por el camino. Si no separas con rigor el importe de venta, las comisiones y el IVA, la contabilidad acaba descuadrada y las liquidaciones con la Agencia Tributaria (AEAT) dejan de cuadrar. Esta guía recorre los puntos críticos del comercio electrónico, del IVA en ventas a distancia a la conciliación de cobros.
El modelo de negocio del ecommerce
Antes de registrar nada conviene entender el flujo. En una tienda online el cliente paga el precio final con IVA, pero ese cobro no entra íntegro: la pasarela descuenta una comisión, el marketplace su tarifa y, a veces, se retienen importes en concepto de reservas o disputas. Contablemente esto obliga a reconocer el ingreso por el importe bruto de la venta y a registrar por separado los gastos asociados, nunca a contabilizar solo el neto que aparece en el banco.
Tanto si operas como autónomo o como sociedad limitada (SL), el Plan General Contable (PGC) te exige reflejar la realidad económica de cada operación. Esa misma lógica se aplica al comercio físico; puedes contrastarla con nuestra contabilidad para el comercio minorista para ver las diferencias frente a la venta presencial.
IVA en ventas a distancia y ventanilla única (OSS)
El gran quebradero de cabeza del ecommerce es el IVA. Mientras vendes solo a clientes en España, aplicas el tipo español y lo liquidas con el Modelo 303 de IVA trimestral. El problema llega con las ventas a distancia intracomunitarias a particulares de otros países de la UE.
Cuando superas el umbral comunitario de ventas a distancia, debes aplicar el tipo de IVA del país de destino, no el español. Para no tener que registrarte en cada estado existe la ventanilla única (OSS), un sistema que permite declarar y liquidar de forma centralizada el IVA repercutido en otros países. Conviene dominar bien las reglas del IVA intracomunitario antes de lanzarte a vender fuera.
| Tipo de operación | Cliente | IVA que aplicas | Dónde se declara |
|---|---|---|---|
| Venta nacional | Particular en España | Tipo español | Modelo 303 |
| Venta a distancia UE (bajo umbral) | Particular UE | Tipo español | Modelo 303 |
| Venta a distancia UE (sobre umbral) | Particular UE | Tipo del país de destino | OSS |
| Venta B2B UE | Empresa con VIES | Sin IVA (inversión del sujeto pasivo) | Modelo 303 y 349 |
El resumen anual sigue presentándose con el Modelo 390 resumen anual de IVA, y los autónomos en estimación directa controlan su rendimiento con el Modelo 130 de IRPF para autónomos.
Ventas a través de marketplaces
Vender en marketplaces como grandes plataformas añade complejidad. La plataforma cobra al cliente, retiene su comisión y te liquida el resto en uno o varios pagos diferidos. En ocasiones el marketplace actúa como sujeto pasivo del IVA en determinadas operaciones, sobre todo con vendedores o mercancía de fuera de la UE, lo que cambia quien repercute el impuesto.
Para reconstruir tus ingresos reales necesitas descargar los informes de liquidación de cada plataforma y reflejar tanto la venta bruta como las tarifas. La forma de registrar estos abonos y descuentos la detallamos en la liquidación de marketplaces dentro del plan contable.
Conciliación de pasarelas de pago
La conciliación es el punto donde más ecommerce fallan. El extracto bancario no muestra ventas individuales, sino abonos agregados de la pasarela ya descontadas las comisiones. Por eso necesitas casar tres fuentes:
- El listado de pedidos de la tienda (importe bruto de cada venta).
- El informe de la pasarela (cobros, comisiones, devoluciones).
- El extracto bancario (transferencias netas recibidas).
Una conexión bancaria y conciliación automatizada ahorra horas y reduce errores, ya que cuadra cada liquidación sin tener que revisar pedido a pedido.
Comisiones y reservas
Las comisiones de la pasarela son un gasto deducible que debe contabilizarse de forma independiente, no restarse del ingreso. Algunas pasarelas también aplican reservas de seguridad: retienen un porcentaje durante un periodo para cubrir posibles disputas o devoluciones. Esa reserva no es un gasto, sino un importe pendiente de cobro que debes seguir hasta su liberación. El tratamiento contable de estas tarifas lo explicamos en las comisiones de pasarela de pago.
Devoluciones online
El comercio electrónico convive con una tasa de devoluciones alta. Cada devolución exige emitir una factura rectificativa y revertir el IVA repercutido, además de reincorporar la mercancía a existencias si vuelve en condiciones de venta. Llevar un buen control de devoluciones evita pagar IVA sobre ventas que finalmente no se han producido y mantiene el inventario fiel a la realidad.
Logística y existencias
La gestión de existencias condiciona el resultado del ejercicio. Tanto si trabajas con almacén propio como con logística de terceros (fulfillment), debes valorar el inventario y registrar las variaciones de existencias en el cierre. Los costes de almacenaje, embalaje y transporte son gastos del negocio que conviene imputar al periodo correcto para no distorsionar el margen real de cada producto.
VERI*FACTU en la tienda online
En una tienda online casi nunca factura una persona: lo hace la plataforma o un plugin al confirmarse el pedido. Ese plugin es un sistema informático de facturación y debe cumplir el reglamento igual que un TPV. Lo que conviene revisar:
- Quién emite la factura. Si la plataforma de la tienda, el ERP y una app de facturación pueden generar facturas, deja solo una con esa función. Dos sistemas emitiendo para los mismos pedidos son dos cadenas de registros y duplicados casi seguros.
- QR en el PDF y en el correo. El cliente recibe la factura por email o la descarga de su cuenta; el QR debe estar en ese documento, al inicio.
- Devoluciones. Un reembolso automático desde la plataforma debe generar su rectificativa, no borrar o modificar la factura del pedido.
- Ventas en marketplaces. Cuando vendes en un marketplace, la factura al comprador la emites tú (o el marketplace en tu nombre, si así lo habéis pactado, con una serie específica de facturación por terceros). En ese último caso, el sistema del marketplace es el que debe cumplir.
- Facturas a clientes de otros países. También generan registro, aunque el IVA vaya por OSS o la venta esté exenta.
Las opciones de configuración se explican en preparar el software para VERI*FACTU.
Consejos de control para tu ecommerce
- Concilia con frecuencia, idealmente cada vez que la pasarela liquida, no solo al final del trimestre.
- Guarda los informes mensuales de marketplaces y pasarelas como justificante de tus ingresos y comisiones.
- Revisa los umbrales de ventas a distancia para activar el OSS a tiempo y aplicar el tipo correcto.
- Vigila las reservas retenidas para no dar por perdido un dinero que acabarás cobrando.
- Apóyate en una buena gestión de tesorería en una pyme, porque los cobros diferidos tensionan la caja.
Con procesos ordenados y la automatización adecuada, la contabilidad del ecommerce deja de ser un caos de descuadres y se convierte en una fuente fiable de información para decidir.