L’article 289 VII du code général des impôts admet trois façons de garantir qu’une facture est authentique et intègre : la signature électronique, l’échange de factures électroniques structurées, ou la mise en place de contrôles documentés créant une piste d’audit fiable (PAF) entre la facture et l’opération qu’elle constate. Pour la plupart des PME qui reçoivent encore des factures papier ou PDF, c’est la PAF qui s’applique.
Ce que la piste d’audit doit relier
Une piste d’audit fiable permet de reconstituer, pour chaque facture, la chaîne complète :
| Étape | Document | Exemple |
|---|---|---|
| Commande | bon de commande, devis signé, contrat | devis accepté par e-mail |
| Livraison ou exécution | bon de livraison, procès-verbal de réception, feuille de temps | bon de livraison signé |
| Facture | facture reçue ou émise | facture du fournisseur |
| Comptabilisation | écriture et pièce archivée | écriture d’achat avec référence de pièce |
| Paiement | relevé bancaire, avis de prélèvement | virement lettré |
La facture est fiable si elle est cohérente avec ces éléments : même fournisseur, mêmes quantités, mêmes prix, paiement au bon bénéficiaire.
Les contrôles à documenter
Il n’existe pas de modèle imposé. L’entreprise décrit les contrôles qu’elle applique réellement, par exemple :
- rapprochement commande / livraison / facture avant validation (contrôle « trois voies ») ;
- validation de la facture par une personne habilitée, tracée dans l’outil ;
- contrôle des coordonnées bancaires du fournisseur et de leurs modifications, pour prévenir la fraude au faux fournisseur ;
- contrôle de la numérotation des factures émises : séquence continue, sans trou ni doublon ;
- archivage de la facture dans son format d’origine, sans modification possible.
Documentez ces contrôles dans une note interne de deux ou trois pages, tenue à jour, et conservez la trace de leur exécution (validation horodatée dans le logiciel, signatures sur les bons). C’est cette documentation que le vérificateur demandera.
Ce que la facture électronique change
Avec la généralisation de la facture électronique entre assujettis (réception obligatoire pour toutes les entreprises à partir du 1er septembre 2026, émission échelonnée jusqu’au 1er septembre 2027), les factures échangées via les plateformes agréées en format structuré bénéficient d’une garantie d’intégrité et d’origine liée au circuit lui-même. La piste d’audit fiable reste utile pour :
- les factures hors du champ de l’obligation : fournisseurs étrangers, tickets, certaines opérations exonérées ;
- les factures de la période de transition ;
- le lien entre la facture et la réalité de l’opération, que le format électronique ne prouve pas à lui seul.
Les factures hors circuit sont traitées dans réception des factures électroniques fournisseurs.
Exemple de piste pour un achat
Une PME achète des fournitures à un grossiste :
- La commande est passée dans le logiciel d’achats, numéro BC-0412.
- À réception, le magasinier valide le bon de livraison dans le même logiciel.
- La facture arrive ; le logiciel rapproche automatiquement BC-0412, le bon de livraison et la facture. Écart de prix : blocage et validation manuelle par le responsable achats.
- La facture est comptabilisée avec la référence de la pièce, archivée en PDF non modifiable.
- Le paiement est fait par virement vers l’IBAN validé du fournisseur et lettré automatiquement.
Chaque étape laisse une trace horodatée : la piste d’audit est reconstituable en quelques clics.
En cas de contrôle
À défaut de PAF documentée et de signature électronique, l’administration peut remettre en cause la déduction de TVA d’une facture dont l’authenticité n’est pas établie. Les autres éléments d’un dossier de contrôle sont détaillés dans contrôle fiscal et pièces comptables.